2階が住居、1階が店舗・事務所の併用住宅で「店舗・事務所部分」と「住居部分」を、それぞれの状態に合わせてセキュリティを構築することは可能でしょうか

はい、可能です。
具体的には、1階・2階ともに侵入検知センサー等を設置し、無人になる方を「在宅警戒」に、人がいる場所を「来客報知」にしておき、異常発生時は人がいる方で信号を受けるようにしておきます。この「在宅警戒」と「来客報知」を、日中と夜間で切り替えるだけです。
侵入検知センサーと防犯カメラを連動させれば、リアルタイムの動画画像で確認をしたり、録画をして証拠を残すこともできるため、より安心です。